A Kolozsvári Egyetem Szegedre költözésével, 1921-ben megalakult a Földrajzi Intézet, valójában az 1870-es évekig visszanyúló kolozsvári hagyományokat követve két intézet: a Földrajzi-, illetve az Ásványtani és Földtani keretében az egyetem két karán (a Bölcsésztudományi-, valamint a Matematikai és Természettudományi) zajlott a felsőoktatás az 1949-es átszervezésig. A földrajz leginkább a történelemmel együtt nemzeti tudományként alkotott szorosabb egységet (1922-től szervezetileg Történelem–Földrajz szakcsoport), első vezetője a neves történész Márki Sándor professzor volt. Javaslatára a földrajzi tudományok sikeres műveléséért gróf Teleki Pált az egyetemen tiszteletbeli doktorrá avatják.

1923-tól 1944-ig az Intézetet és a földrajz tanárképzést Kogutowicz Károly (az Európa-hírű térképkiadó és a geográfus Kogutowicz Manó fia) a korszerű térképészeti és alkalmazott geográfiai ismeretek fölhasználásával szervezte meg és vezette. Kiépült az Intézet infrastruktúrája (könyvtár, térképtár, bútorzat, műszerek), de tevékenysége messze túlnyúlt az egyetem falain (és a II. világháborúig meghatározó volt tevékenysége az egyetemen). Erre az időszakra jellemző volt a tájföldrajzi gondolat, valamint a térképészet megjelenése az oktatásban. Szeged város támogatásával meteorológiai és szeizmográfiai obszervatóriumot állított fel, az Alföld déli részének vármegyéi, városai, községei, mezőgazdasági kamarái jelentős anyagi támogatással segítettek kiépíteni az Intézet sűrű meteorológiai hálózatát, amely a német kutatásokat és eredményeket felhasználva, főleg mezőgazdasági érdekek szemmel tartásával, a klímaviszonyokat tanulmányozta. Az Intézet rádiószolgálata lehetővé tette időjárási térkép szerkesztését, melynek alapján Délvidékre szóló, önálló éghajlati előrejelzéseket adott ki.  Fontos szerephez jutott az Alföldkutató Bizottság megalapításában, Kogutowitz szerepe azonban túlmutatott az Alföld határain is. Még Szegedre kerülése előtt indítja be Föld és Ember c. folyóiratát (szerkesztését a szegedi évek alatt is folytatja), 1923-ban kiadja Zsebatlaszát, később pedig megindította az ország tudományos tájfeldolgozását, melynek eredménye lett a maga nemében egyedül álló a „Dunántúl és Kisalföld írásban és képekben” I-II. kötete .Az 1927-28-as tanévben jelent meg először az Acta Geographica első füzete. A II. világháború Németországba vetette, Ludwigsburgban halt meg 1948-ban.

1945-57 között a világjáró geológus-geográfus, a pécsi egyetem korábbi rektora, a kor kiemelkedő földrajztudósa (1934-től az MTA levelező tagja) és a Magyar Földrajzi Társaságnak is meghatározó alakja: Prinz Gyula vezette az Intézetet. Ő a klasszikus geomorfológizáló geológia képviselője volt. Felhasználva belső-ázsiai útjainak tapasztalatait az oktatásban, különös hangsúlyt kapott a regionális szemlélet. Európai hírnevét mégis a Kárpát-medencére vonatkozó tektonikai elméletének (Tisia-elmélet) köszönheti, amiben összekapcsolta az előző félszázad földtani kutatásának adatait és Richthofen geológizáló geomorfológiáját, illetve saját fejlődéstörténeti szemléletének dialektikus vonásait. Település-földrajzi munkássága is nemzetközi jelentőségű és földrajzos tevékenysége mellett maradandót alkotott, mint paleontológus is (pl. 46 új Ammonites-fajt írt le). Sok hazai kolléga vallja magát Prinz-tanítványnak, egyéb okok miatt mégsem alakult ki munkássága nyomán egy szegedi geomorfológiai iskola, 1973-ban, 91 éves korában Budapesten hunyt el.

A 2007-es általános iskolások Városi könyv- és könyvtárhasználati vetélkedőjén Prinz Gyula életéről, utazásairól, műveiről készült nyertes bemutató.

Új szakmai profilt hozott a Földrajzi Intézet életébe Wagner Richárd (1937-ben került az intézetbe, majd 1973-as haláláig az Éghajlattani Tanszék vezetője) akinek a meteorológia terén elért eredményei nyomán rövid időre (1948-49-es tanévben) az Intézet hivatalosan „Földrajzi Intézet és Légkörfizikai Állomás” néven szerepel. 1949-ben az Intézet a frissen alakult Természettudományi Karhoz került, a földtudományi egységek alapvető oktatási feladata elég rapszodikusan változott ebben az időben: a földrajz-történelem és a biológia-földrajz szakok voltak ekkor jellemzőek, de néhány évig volt földrajz-geológia képzés is, aminek 1955-ös megszüntetését követően már csak eseti lehetőség nyílt 1-2 geológia szakos oktatására. Az 1960-as évek közepétől földrajz-idegen nyelv, majd matematika-földrajz szakpárok színesítették az oktatási profilt.

Prinz Gyula 1958-as nyugdíjba vonulása után egy átmeneti időszak következett (több vezetővel), majd 1964-től – a tudomány természetes differenciálódását követve – két önálló földrajzi tanszék (Természeti és Gazdasági Földrajzi-) keretében folytatta munkáját a megszűnő Intézet. A Természeti Földrajzi Tanszék élére Jakucs László világhírű karsztkutatót (a Béke-barlang felfedezőjét) nevezték ki. Munkássága nyomán a Tanszék a geomorfológiai profil mellett, környezeti-ökológiai irányokba is elindult, a kutatási programok egyre inkább a tanszékek profiljához igazodtak: a karsztos területek morfogenetikájával, valamint a DK-Alföld természeti földrajzi problémáival foglalkoztak ebben az időben elsősorban, míg az Éghajlattani Tanszéken a mikroklíma-kutatások kerültek előtérbe. Nyugállományba vonulásával 1991-ben professor emeritus címet kapott, 2001-ben 76 éves korában hunyt el Szegeden.

A Földrajz és Földtani Tanszékcsoport 1981-ben jött létre, 1983 és 1986 között átmenetileg ismét két részre oszlott a tanszékcsoport, majd 1987-ben a tanszékcsoport újbóli egyesítése történt meg az 5 tanszékkel, ennek számos alkalommal került ki vezetője a Tanszék berkeiből. Jakucs professzor nyugdíjba vonulását követően a Természeti Földrajzi Tanszéken Mezősi Gábor lett tanszékvezető, 1991-től a nemzetközi elismertségű karsztkutatás mellé a távérzékelés és földrajzi információs rendszerek (GIS) kutatása és alkalmazásai is felsorakoztak. A Tanszéken belül 1992-ben Távérzékelési Laboratórium jött létre, amely 1996-ban Alkalmazott GeoInformatikai Laboratórium (AGIL) egységgé szerveződött, a geoinformatika és a távérzékelés beépült az oktatásba is. 1991-92-ben kidolgozásra került a geográfus szak képzési koncepciója és tanterve: a szak alapítási és indítási kérelmét 1992-ben hagyták jóvá és így 1993. szeptemberétől vált lehetővé indítása. Az Éghajlattani Tanszéken (jelenleg: Éghajlattani és Tájföldrajzi Tanszék) 1997-től a Természeti Földrajzi Tanszékről „átigazolt” Kevei Ferencné lett a tanszékvezető, aki a tájökológai kutatások egyik szakértőjeként a „gyengébb nem” képviseletében elsőként szerzett MTA doktori fokozatot a hazai földrajztudományban.  

1993-ban 60 új elsőéves földrajzos (fele-fele részben egy-, illetve kétszakos tanár) és egy tucat geográfus hallgatóval rendelkeztünk, azaz összesen közel 250 nappali tagozatos hallgatót oktattunk. A geográfus szak iránt folyamatosan nőtt az érdeklődés, ami egyre növekvő hallgatói létszámot is jelentett. 2005-re már több mint 90 államilag finanszírozott (és 1-2 tucat költségtérítéses) geográfust vettünk fel évfolyamonként. A geográfus szakon a kezdeti két szakirányt (környezetkutató és településkutató) további hárommal (geológia, geoinformatika, idegenforgalom) bővítettük – ami hazai viszonylatban egyedüli. A kötelező kétszakos tanárképzés nem csökkentette a földrajz szak iránti érdeklődést, s egy-egy évfolyamon mintegy 50 fő kezdte tanulmányait. A tanszék részt vesz az 1997-ben beindult környezettan tanár, majd az azt követő környezettudományi kutató szak oktatásában, melyek létszáma szintén dinamikusan növekedett, 2005-re elérte az 50-60 főt. Ez azt jelenti, hogy évfolyamonként közel annyi diákot oktatunk, mint 10-15 évvel korábban összességében. 2002. novemberétől új nevet kapott a tanszék: Természeti Földrajzi és Geoinformatikai Tanszék. 2005-ben az év legnagyobb feladata az ún. bolognai rendszerhez igazodóan a BSc képzések új tematikájának kialakítása volt. A munka eredményeként a tanszékcsoport két önálló BSc képzést (földrajz, földtudomány) indított 2006-tól. Az MSc képzések programjainak kidolgozására 2006-ban került sor, az első évfolyam a 2009/2010. tanévben kezdi meg tanulmányait.

2004-től a laboratóriumi kapacitás is megújult illetve bővült. GVOP pályázat támogatásával létrehoztuk a Talaj- és vízvizsgálati laboratóriumot, amely 2006-ban akkreditált státuszt kapott, amelyet azóta is fenntart (az egyetemen másodikként!). Elsősorban akkreditált mintavételeket és vizsgálatokat végez: mind szolgáltatás külső cégeknek és személyeknek, mind a kutatási projektek támogatása formában.

2005-ben jött létre és üzemel az optikai lumineszcens kormeghatározással foglalkozó laboratórium azzal a céllal, hogy e külföldön széles körben alkalmazott módszert a hazai negyedidőszak-kutatás és régészeti kutatás számára is könnyen elérhetővé tegye. A megalakítás óta eltelt időben nagy hangsúlyt fektettünk a lumineszcens módszer más kormeghatározási eljárásokkal történő ellenőrzésére, illetve a minta-előkészítés és a mérések kalibrálására.

 2008. december 20. óta a Tanszék új helyen, a BTK épület 1. emeletének északi szárnyában működik: a korábbinál háromszor nagyobb alapterületen. Új laborhelyiségek és oktatási terek kerültek kialakításra, valamint  nagyobb munkaszobákban folytathatják tevékenységüket kollégáink. Mindemellett végre hallgatóink részére is ki tudtunk alakítani közösségi tereket, ahol az órákra várva leülhetnek, és igényes körülmények között készülhetnek.